Celem KBM jest:

• integracja środowiska naukowego w zakresie oceanologii i morskich nauk pokrewnych;
• tworzenie forum prezentacji i wymiany myśli naukowej;
• ułatwianie wymiany wyników badań naukowych oraz potrzeb i doświadczeń między nauką a gospodarką;
• opracowywanie ekspertyz dla potrzeb administracji i instytucji gospodarczych, rządowych, samorządowych i innych;
• pełnienie funkcji Narodowego Komitetu ds. współpracy z międzynarodowym Komitetem SCOR (Scientific Committee on Oceanic Research)
• opiniowanie wniosków o członkostwo PAN, nagród Prezesa Rady Ministrów i Dziekana Wydziału III PAN oraz kandydatów do Rady NCN.